Zbierky Arboréta Borová hora sa členia na tri skupiny: zbierky drevín, zbierky ruží a zbierky kaktusov a sukulentov. Všetky napĺňajú základné poslanie ABH, v zmysle navrhnutej a schválenej koncepcie budovania – záchrana a archivácia pôvodných a ohrozených druhov.
Zbierka drevín
Zbierka drevín Arboréta Borová hora patrí k jedinečným kolekciám živých dlhovekých organizmov na území Slovenskej republiky. Vznikla v roku 1965 s úmyslom vytvoriť priestor a podmienky pre praktickú pedagogickú činnosť biologických vedných disciplín vtedajšej Vysokej školy lesníckej a drevárskej vo Zvolene, ako aj zhromažďovať a zachovávať druhové bohatstvo autochtónnej dendroflóry stredoeurópskeho priestoru s osobitným akcentom na dendroflóru Slovenska. Hlavnou ideou a obsahovým zameraním zbierky je sústreďovať pôvodné druhy drevín v ich vnútrodruhovej (morfologickej) a súčasne aj geografickej premenlivosti (Lukáčik 2005a). Veľmi cennými sú najmä rôzne pôvody drevín z prirodzených lokalít, ktoré sa odlišujú tvarom a tvoria tzv. morfologické odchýlky. Vyznačujú sa zmenou celkového vzhľadu, typu konárov, borky a kmeňa, rôzne sfarbenými listami a kvetmi, farbou plodov a šišiek. Všetky morfologické variácie reprezentujú variabilitu druhu dreviny v rôznych ekologických podmienkach ich prirodzeného výskytu. Zároveň dokumentujú premenlivosť pôvodných druhov drevín a sú názornou ukážkou širokého sortimentu. Prispievajú k rozšíreniu mnohých vzácnych, pôsobivých foriem využiteľných v sadovníckej praxi, v urbanizovanom prostredí a krajine, resp. môžu slúžiť ako genofond pre šľachtiteľské ciele (Lukáčik 1997).
Geografická premenlivosť zbierkového fondu drevín, ktorú reprezentujú jednotlivé pôvody drevín, zahŕňa najčastejšie hlavné domáce druhy. Hoci v prvých rokoch budovania zbierky bol získaný široký genofondový materiál aj niektorých nepôvodných druhov, neskôr sa práce na zachytenie geografickej premenlivosti sústredili najmä na pôvodné druhy drevín Abies alba, Larix decidua, Picea abies Pinus sylvestris, z listnáčov najmä na druhy z rodov Acer sp., Betula sp., Fagus sp., Tilia sp.
Genofond habituálne nezmenených pôvodov drevín sa stal základom pre vyhodnocovanie ich rastových charakteristík (výšky, hrúbky d1,3,prírastkov), celkovej adaptability, fenologických pozorovaní a p.
Po roku 2005 sa procesy meniacej sa klímy výraznejšie prejavili aj v mikroklimatických resp. regionálnych podmienkach arboréta. Viaceré klimatické faktory (extrémne teplotné výkyvy a ťažký sneh v zimnom období, vietor, dažďové zrážky a následné rozmočenie pôdy) zhoršili podmienky pre úspešný rast drevín a nepriaznivo ovplyvnili aj ich zdravotný stav v Arboréte Borová hora.